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產(chǎn)品介紹
細(xì)菌基因組測(cè)序，可分為細(xì)菌基因組de novo測(cè)序和細(xì)菌基因組重測(cè)序兩類。細(xì)菌基因組de novo測(cè)序，即從頭測(cè)序是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對(duì)某個(gè)細(xì)菌物種進(jìn)行測(cè)序，利用生物信息學(xué)分析手段對(duì)序列進(jìn)行拼裝，從而獲得該細(xì)菌物種的基因組序列。細(xì)菌基因組重測(cè)序是對(duì)已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個(gè)體進(jìn)行基因組測(cè)序，并以此為基礎(chǔ)進(jìn)行個(gè)體或群體水平的差異性分析。可關(guān)注大量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結(jié)構(gòu)變異（Structure Variation，SV）等變異信息。細(xì)菌基因組測(cè)序可以預(yù)測(cè)重要基因和蛋白以了解其功能和可能機(jī)制，已取代傳統(tǒng)方法成為研究細(xì)菌進(jìn)化遺傳機(jī)制、關(guān)鍵功能基因的重要工具。
根據(jù)不同的研究目的和需求，細(xì)菌基因組測(cè)序可具體分為以下產(chǎn)品：
細(xì)菌重測(cè)序
構(gòu)建小片段文庫，深度測(cè)序，基于已知參考基因組關(guān)注基因組變異情況（包括SNP和InDel等），可進(jìn)行群體研究。
細(xì)菌denovo測(cè)序
細(xì)菌框架圖：構(gòu)建小片段文庫，采用高深度測(cè)序（100X）和初級(jí)的基因組從頭組裝策略，可滿足細(xì)菌基因組研究的基礎(chǔ)需求。
細(xì)菌精細(xì)圖：構(gòu)建大片段和小片段文庫，采用高深度測(cè)序（150X）和針對(duì)性的基因組從頭組裝策略，是目前細(xì)菌基因組研究的主導(dǎo)產(chǎn)品。
細(xì)菌完成圖：根據(jù)待測(cè)菌株具體情況量身定制*策略，構(gòu)建不同大小片段及類型文庫，綜合利用多種高通量測(cè)序技術(shù)及組裝技術(shù)，終組裝得到一條完整的基因組序列（1 Contig，0 gap），是細(xì)菌基因組測(cè)序從頭組裝的高標(biāo)準(zhǔn)。
流程圖
結(jié)果示例
案例分析
案例：耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）全基因組測(cè)序揭示其傳播機(jī)制及系統(tǒng)發(fā)育
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.
耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）是一種常見的引發(fā)醫(yī)院內(nèi)感染的致病菌，本研究對(duì)泰國東北部一家醫(yī)院分離出的79株菌進(jìn)行了全基因組測(cè)序，繪制了該菌的系統(tǒng)發(fā)育樹，并發(fā)現(xiàn)了多個(gè)不同進(jìn)化支，據(jù)此推理出感染病人之間的MRAS傳播途徑。
技術(shù)參數(shù)
產(chǎn)品 | 測(cè)序策略 | 交付指標(biāo) | 周期 |
細(xì)菌重測(cè)序 | HiSeq/MiSeq, 500bp文庫 | ≥100X | 40個(gè)工作日 |
細(xì)菌框架圖 | HiSeq/MiSeq, 500bp文庫 | ≥100X | 35個(gè)工作日 |
細(xì)菌精細(xì)圖 | HiSeq/MiSeq, 500bp+6K文庫 | ≥150X | 45個(gè)工作日 |
細(xì)菌完成圖 | 多測(cè)序平臺(tái)及多類型文庫 | 1 Contig, 0gap | 75個(gè)工作日 |
樣品要求
樣品類型 | 檢測(cè)方法 | 總量 | 濃度 | 其他要求 |
DNA | Qubit、AGE | 小片段文庫:≥ 1.5μg | 小片段文庫: > 50ng/μL | OD260/280= 1.8~2.0 |
服務(wù)流程
1、提交項(xiàng)目課題相關(guān)需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)討論項(xiàng)目細(xì)節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見對(duì)實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行修改。
4、雙方均滿意并達(dá)成一致，簽訂技術(shù)服務(wù)合同。
5、開展實(shí)驗(yàn)，按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結(jié)題，提供實(shí)驗(yàn)原始結(jié)果和分析結(jié)果、實(shí)驗(yàn)流程、實(shí)驗(yàn)條件等等。
我們的優(yōu)勢(shì)
1、適用于單細(xì)胞、微量細(xì)胞樣品。
2、數(shù)據(jù)質(zhì)量高、偏差小、高度均一。
3、高通量，單個(gè)樣本可達(dá)30-100X的測(cè)序深度和數(shù)據(jù)產(chǎn)出量。
4、*的覆蓋度，能檢測(cè)到90%以上的SNP位點(diǎn)信息。
5、檢測(cè)靈敏度和準(zhǔn)確度高。
6、能夠全面發(fā)掘新的和稀有的遺傳變異
咨詢與訂購
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